jueves, abril 17, 2008

Entrevista a Carles Lalueza-Fox sobre el flujo génico entre neandertales y sapiens

En una noticia pasada les contaba sobre las hipótesis de Graham Coop y colegas, en la cual decían que Los neandertales obtuvieron el gen del lenguaje de los sapiens o los sapiens del Hombre de neandertal.

Graham Coop, en su artículo de Molecular Biology and Evolution dicen que lograron extraer genes con FOXP2 (gen del lenguaje) de dos especimenes neandertales de El Sidrón. Se basan en los estudios de Johannes Krause y colegas.

Las muestras en las que se basan para sus conclusiones provienen de El Sidrón, yacimiento español, así que qué mejor que entrevistar a Carles Lalueza-Fox, quien es el experto detrás de las extracciones de ADN neandertal en ese yacimiento.

Lalueza-Fox es doctor en biología y se especializa actualmente en técnicas de recuperación de ADN de restos fósiles, y en especial de genética evolutiva neandertal. Mundo Neandertal tuvo la oportunidad de conversar con él a través del correo electrónico:

Mundo Neandertal: ¿Fueron ustedes quienes tomaron las muestras originales?

Carles Lalueza-Fox: Si, los extrajimos nosotros (es decir, los arqueólogos Javier Fortea y Marco de la Rasilla, de la Universidad de Oviedo, y el paleontólogo Antonio Rosas, del Museo Nacional de Ciencias Naturales de Madrid) en el yacimiento de El Sidrón, siguiendo un protocolo de anticontaminación que por cierto publicaremos la semana que viene, creo, en el Journal of Human Evolution.

MN: Coop y colegas no opinan igual que Krause al decir que la separación entre neandertales y sapiens fue hace 400 mil años analizando las diferencias en el FOXP2. Sino que creen que se puede haber dado un flujo génico entre humanos modernos y neandetales. ¿Qué opinión le merecen estas conclusiones?

CLF: Bueno, estoy en desacuerdo con Coop et al. en varios puntos. Para empezar, ellos dicen que es irrelevante calcular la contaminación a partir del DNA mitocondrial, pero esto es más que discutible, especialmente porque los marcadores nucleares y mitocondriales se amplificaron conjuntamente en la misma reacción de PCR, y tendríamos que pensar en algún mecanismo esotérico que hubiera contaminado sólo el nuclear pero no el mitocondrial (porque las estimaciones que ambas muestras de El Sidrón, 1253 y 1351c, dan valores de DNA mitocondrial endógeno en cerca de un 90%). En la única muestra donde tenemos ahora mismo mitocondrial y marcador nuclear único de los neandertales (la muestra 1252, con el gen MC1R), ambos valores de contaminación son semejantes. Como tests indirectos sobre la contaminación, también recuperamos algunos marcadores autosómicos que dieron la variante ancestral (es decir, idéntica al chimpancé) en los neandertales, en vez de la variante derivada de los humanos modernos. Coop et al. analizaron más muestras humanas modernas y descubrieron que en realidad estas variantes eran polimórficas (es decir, que hay humanos que también presentan las variantes ancestrales). Esto es un inconveniente, lógicamente, aunque habría que mirar cual es la probabilidad de que las muestras de El Sidrón hayan estado contaminadas por humanos modernos homizogotos para varios de estos marcadores ancestrales. Todavía más extraño me parece su argumentación sobre el cromosoma Y. Como la antigüedad de los cromosomas Y humanos es de cerca de 90.000 años (y por tanto, posterior a la divergencia de humanos y neandertales), era evidente que los neandertales presentarían variantes ancestrales en los marcadores del Y que determinan los linajes mas antiguos en la humanidad. Recuperamos varios en las muestras de El Sidrón, y siempre encontramos las variantes ancestrales. Claro que hay algunos humanos modernos, en algunas poblaciones sud-saharianas, como los San, que también presentan estos linajes. Coop et al. dicen que con este test no es posible descartar contaminación, pero yo puedo asegurar que en el lugar remoto donde está El Sidrón, el único africano que han visto debe de ser Denzel Washingtion en el cine.

MN: ¿Qué opina de que digan que hacen falta más experimentos para descartar contaminación, ya que si no es contaminación, entonces indica cruce entre ambas especies?

CLF: No veo que más controles podrían aplicarse. Este ?junto con el trabajo del MC1R- es el primer estudio que se ha replicado de forma independiente en tres laboratorios. Únicamente podría mejorarse la estimación de la contaminación de estas muestras mediante la amplificación de otros marcadores nucleares exclusivamente neandertales (todavía no los conocemos), incluyendo los de la propia filogenia del Y neandertal. Pero no variarán mucho, y ahora mismo es únicamente del 10% o menor.

MN: Para ellos el último ancestro en común, según el análisis del FOXP2, vivió hace 42.000 años. ¿Qué opinión le merece esta asunción?

CLF: Creo que aquí hay un problema interpretativo. Coop et al. asocian el arrastre selectivo cercano al exon 7 del gen FOXP2 con los dos cambios funcionales del propio exon, pero ahora hay evidencias de que corresponden a un arrastre selectivo mas antiguo cercano al propio gen, compatible con la antigüedad del antepasado de neandertales y humanos, al cual probablemente se habría superpuesto un arrastre selectivo focalizado en el exon 7, que podría ser posterior.

MN: Según ellos alelos benéficos se esparcieron a los neandertales debido a bajos niveles de flujo génico, o introgression. Usted había dicho en otras ocasiones que descartaba totalmente cruce entre ambas especies. ¿Qué opina de estas conclusiones?

CLF: Las evidencias genomicas que se están acumulando -y que son masivas- no indican hibridación. Su hubiera habido flujo génico, este se detectaría en diversas partes del genoma, y no únicamente en un gen. Tenemos varios marcadores en diferentes sitios que se encuentran solo en neandertales y no han llegado a los humanos modernos, como el del gen de la pigmentación, el MC1R. En cuanto haya en todos los cromosomas, se podrá descartar del todo el flujo génico. Además, los tiempos de divergencia genomicos que tenemos ahora están cercanos a los 900.000 años (y medio millón para el DNA mitocondrial), lo cual es incompatible con ningún tipo de flujo génico.

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