Explicar cómo fue poblado todo el resto del continente, y en especial el cono sur de América del Sur, fue mucho más difícil, por los escasos restos arqueológicos antiguos. Pero la paleogenética viene aportando detalle tras detalle, veamos que es lo que sabemos.
Los datos arqueológicos ubican la presencia humana en la región de las Pampas hace unos 14.000 años, con el sitio Arroyo Seco, Argentina, como referencia clave, y Monte Verde en el sur de Chile como el yacimiento más antiguo de Sudamérica (~14.300).
El estudio fundacional de Posth et al. (2018) en Cell reportó ADN antiguo de 49 individuos de que permitieron formar líneas temporales en Belice, Brasil, los Andes Centrales y el Cono Sur, cada uno con al menos ~9.000 años de antigüedad. La población ancestral común se irradió rápidamente desde una de las dos ramas tempranas que contribuyeron a los americanos nativos modernos.
Los primeros humanos que cruzaron desde Asia a América (por Beringia, hace más de 15.000 años) no eran un grupo perfectamente uniforme: ya traían cierta diversidad interna. Cuando sus descendientes empezaron a moverse hacia el sur, no lo hicieron como una sola ola compacta, sino que distintas ramas de ese grupo ancestral tomaron rutas y tiempos diferentes, poblando Centroamérica y Sudamérica desde ángulos distintos.
Un hallazgo central de ese trabajo fue que casi toda la ascendencia de los centroamericanos y sudamericanos surgió de una radiación en forma de estrella del primer linaje. Llegó esencialmente una sola población ancestral, pero que ya era internamente variada, y esa variación se amplificó rápidamente al dispersarse por un continente enorme.
La imagen que emerge de los estudios paleogenómicos combinados es la de una expansión inicial muy rápida, seguida de largos períodos de estructura regional relativamente estable. Uno de los genomas más antiguos encontrados pertenece a una mujer que vivió hace 10.000 años en las Pampas.
Su perfil ya mostraba diferencias claras respecto a los pueblos andinos y amazónicos, pero similitudes con quienes habitarían después el sur del continente. Eso sugiere una expansión inicial rápida por Sudamérica y un posterior período de estabilidad prolongada.
La diversificación temprana: tres ramas profundas (~9.000–7.000 AP)
Hacia el Holoceno temprano, Sudamérica ya mostraba una estructura genética diferenciada. Los estudios previos habían establecido tres grandes ramas ancestrales: Andes, Amazonia y sur del Cono Sur. Sin embargo, la paleogenómica reciente ha complejizado radicalmente este cuadro.El estudio más amplio hasta la fecha sobre el Cono Sur, publicado en Nature a fines de 2025 (Maravall-López et al.), analizó 238 genomas de individuos de hasta 10.000 años de antigüedad.
Los investigadores encontraron que la región albergó al menos tres "linajes profundos": el descubierto en el centro de Argentina, otro presente en los Andes hace aproximadamente 9.000 años, y un tercero establecido en las Pampas hace 7.700 años.
Este linaje central de Argentina se expandió hacia el sur, se mezcló con la población de las Pampas hace 3.300 años o antes, y eventualmente se convirtió en la ascendencia dominante.
Este linaje del centro de Argentina fue completamente desconocido hasta ese hallazgo: el análisis de 238 restos humanos de 133 sitios arqueológicos permitió rastrear patrones de parentesco y migración en Sudamérica.
"Hemos encontrado este nuevo linaje, un nuevo grupo de personas que no conocíamos antes, que ha persistido como el principal componente ancestral durante al menos los últimos ocho mil años hasta la actualidad", explicó Javier Maravall López. "Es un episodio importante de la historia del continente del que simplemente no éramos conscientes." SinEmbargo MX
El Holoceno Medio en las Pampas (~6.000–4.200 AP): múltiples ancestrías en coexistencia
Un estudio más reciente publicado en Nature, Krettek et al. (2026) aporta su contribución más original y concreta para el sector central del Cono Sur. El trabajo demuestra que las Pampas del Holoceno Medio no eran genéticamente homogéneas.Se detectan al menos tres ancestrías distintas coexistiendo en la región:
Ancestría 1: la representada por los individuos de Arroyo Seco II (~7.700 AP) y Laguna Chica (~6.800 AP), que ya era conocida de estudios anteriores y es la más antigua documentada en las Pampas centrales. Esta ancestría muestra afinidad con grupos posteriores del sur del continente.
Ancestría 2: la de los individuos de Tres Bonetes (~6.000 AP), en la transición Pampa-Patagonia, que exhibe una afinidad significativa con poblaciones de la Patagonia suroriental (grupos como los Selk'nam), lo que sugiere migraciones de sur a norte o una distribución geográfica más amplia de este componente de lo que se creía.
Ancestría 3: una ancestría de origen geográfico desconocido que aparece ya hacia 5.500 AP (representada por el grupo conocido como CANT_5500BP) y que se convierte, con el tiempo, en la componente dominante tanto en las Pampas centrales como en las meridionales desde ~4.000 AP en adelante. Esta es la llamada "ancestría de origen desconocido" del artículo, representada en análisis posteriores por el grupo Paso Alsina (ALSI_500BP).
Esta multiplicidad de linajes es coherente con el nuevo cuadro que surge del gran estudio de Maravall-López et al. (2025), donde el análisis reveló una diferenciación genética entre las poblaciones del Cono Sur y otras regiones sudamericanas, iniciada hace al menos 10.000 años.
La Patagonia sur: continuidad con cambios (~6.000–500 AP)
El estudio de Nakatsuka et al. (2020) en Nature Communications es el trabajo de referencia para la Patagonia meridional, con datos genómicos de 19 individuos del sur patagónico entre ~5.800 y 100 AP. Sus conclusiones muestran un panorama mixto.
Se detecta un grado significativo de continuidad en la Patagonia Sur desde al menos 6.600 AP. Un gráfico MDS muestra que los individuos del Holoceno Medio son distintos de los del Holoceno Tardío, con la importante excepción de Chile Ayayema_4700BP, que muestra un ligero desplazamiento hacia individuos posteriores del Archipiélago Occidental.
Esto apunta a que en la Patagonia sur hubo continuidad genética de base, pero no sin cambios. Hacia ~4.700 AP hay evidencia de un evento migratorio que introduce nueva ancestría en los grupos marítimos del Archipiélago Occidental (ancestros de los Kawésqar y Yámana), diferenciándolos de los grupos terrestres del este (Selk'nam, Aónikenk). Esta distinción genética entre grupos marítimos del oeste y terrestres del este patagónico es uno de los hallazgos más robustos de la paleogenómica austral.
El artículo de Krettek et al. (2026) complementa este cuadro al mostrar que grupos como los Selk'nam y Aónikenk de Patagonia central podrían haber actuado como vectores de ascendencia patagónica suroriental que llegó esporádicamente a las Pampas del sur, como lo evidencian los individuos de Tres Bonetes (~6.000 AP) y El Remo (~170 AP) en la transición Pampa-Patagonia oriental.
El Holoceno Tardío en las Pampas y el noroeste patagónico (~4.000–500 AP): flujos desde múltiples direcciones
A partir de ~4.000 AP, la genómica del Cono Sur central registra varios procesos simultáneos que el artículo de Krettek et al. documenta con detalle.En las Pampas centrales y meridionales, la ancestría de origen desconocido (probablemente vinculada al nuevo linaje del centro de Argentina identificado por Maravall-López et al.) se consolida como dominante.
No hay evidencia de un reemplazo poblacional total, sino de un flujo génico sostenido que fue progresivamente aumentando su proporción. Los investigadores descubrieron que una ancestría genética, cuyo origen geográfico aún se desconoce, ya se había expandido hace aproximadamente 5.500 años. En el Holoceno Tardío, su proporción aumentó significativamente. PR-Web
En el noroeste patagónico (provincia de Neuquén, Argentina), el estudio revela un panorama complejo. Por un lado, una influencia genética de los Andes del sur (Chile) que se detecta ya desde ~4.400 AP y persiste hasta tiempos coloniales; por otro, la llegada de la ancestría de origen desconocido (la misma pampeana) no antes de ~610 AP, procedente probablemente de una migración desde las Pampas siguiendo los ríos Negro y Limay hacia el Atlántico. La coexistencia de ambas ancestrías en el este de Neuquén hacia el final del Holoceno Tardío corresponde bien con la evidencia arqueológica de diferenciación cultural regional.
En los Andes, el trabajo de Nakatsuka et al. (2020) en Cell mostró que entre los andinos de Perú y Chile hubo un linaje adicional que comenzó a expandirse en esta región hace al menos ~4.200 AP y tenía una afinidad genética significativa con grupos de México y las Islas Channel de California, un flujo norte-sur sin paralelo documentado.
Además, detectaron más intercambio de alelos entre grupos del sur de Perú, la costa peruana central y el altiplano de Titicaca respecto a Argentina_LagunaChica_1600BP en comparación con Argentina_LagunaChica_6800BP, lo que probablemente refleja flujo génico entre las Pampas y los Andes Centrales, coherente con el registro arqueológico de objetos de origen surandino en las Pampas occidentales. ScienceDirect
El Delta del Paraná y el Uruguay: redes fluviales (~1.500–600 AP)
El artículo de Krettek et al. aporta los primeros datos genómicos de la región del Delta del Paraná y el río Uruguay, y los hallazgos son sorprendentes en varios aspectos.
Tanto el Delta Superior como el Delta Inferior del Paraná muestran una ascendencia vinculada a la misma ancestría pampeana de origen desconocido, coherente con una ocupación desde las tierras bajas pampeanas.
Sin embargo, los datos revelan una diferenciación genética interna entre los sectores Alto y Bajo del Delta ya hacia ~600 AP, paralela a diferencias en los estilos cerámicos documentados arqueológicamente. Esto apoya la existencia de entidades arqueológicas distintas (Goya-Malabrigo en el sector superior, con influencias guaraníes en el inferior).
El individuo del río Uruguay inferior (Los Cardos, ~1.500 AP) se agrupa genéticamente con los del Delta del Paraná, sugiriendo que la misma ancestría conectaba ambas cuencas fluviales, coherente con la caracterización arqueológica de la entidad Goya-Malabrigo como fenómeno regional compartido.
Uruguay oriental: conexiones con el sur de Brasil (~730 AP)
Uno de los hallazgos más llamativos del estudio es el del individuo de Los Indios (Uruguay oriental, ~730 AP), vinculado genéticamente a grupos Sambaquí del sur de Brasil.
Esto conecta con el trabajo de Ferraz et al. (2023) en Nature Ecology & Evolution, que demostró que los Sambaquí costeros del sur de Brasil portaban ascendencia relacionada con los Kaingang (hablantes de lenguas Jê), vinculada a construcciones de montículos de tierra y a una expansión costera de sur a norte.
El artículo de Kretek et al. extiende este corredor costero hacia el sur, sugiriendo que la expansión de la ancestría Kaingang-relacionada llegó al Uruguay oriental al menos hacia 730 AP, asociada allí también a sociedades constructoras de cerritos (montículos de tierra). Los modernos uruguayos con alta ancestría amerindia también muestran afinidad con los Kaingang, lo que da continuidad al patrón.
~15.000–12.000 AP
Colonización inicial rápida desde el norte; presencia en Monte Verde, Pampas (Arroyo Seco). Ancestría "paleoamericana" vinculada a Anzick-1/Clovis.
~12.000–9.000 AP
Diferenciación temprana. Emergencia de al menos tres linajes profundos: andino, pampeano y un tercero del centro de Argentina aún no bien caracterizado. Posible reemplazo o dilución de la ancestría más antigua tipo "paleoamericana".
~9.000–6.000 AP
Consolidación regional. Continuidad en Patagonia sur. En las Pampas, coexistencia de al menos tres ancestrías distintas durante el Holoceno Medio.
~6.000–4.000 AP
Expansión de la ancestría de origen desconocido (probablemente del centro de Argentina) hacia las Pampas desde ~5.500 AP. Contactos esporádicos con Patagonia suroriental. En los Andes, nueva ola migratoria de norte a sur desde ~4.200 AP.
~4.000–1.500 AP
Consolidación de la ancestría pampeana desconocida como dominante en Pampas centrales y meridionales. Flujo andino-suroriental hacia las Pampas occidentales. Primera llegada de la misma ancestría al río Uruguay y Delta del Paraná (~1.500 AP).
~1.500–600 AP
Diferenciación entre Delta Superior e Inferior del Paraná. Expansión de ascendencia kaingang-Sambaquí hacia Uruguay oriental. Llegada de ancestría pampeana al noroeste patagónico (~610 AP).
~600–150 AP
Coexistencia de ancestrías pampeanas y andinas en el noroeste patagónico hasta tiempos coloniales. Influencia guaraní puntual en el Delta Inferior. Contactos históricos con grupos tehuelches.
El Delta del Paraná y el Uruguay: redes fluviales (~1.500–600 AP)
El artículo de Krettek et al. aporta los primeros datos genómicos de la región del Delta del Paraná y el río Uruguay, y los hallazgos son sorprendentes en varios aspectos.
Tanto el Delta Superior como el Delta Inferior del Paraná muestran una ascendencia vinculada a la misma ancestría pampeana de origen desconocido, coherente con una ocupación desde las tierras bajas pampeanas.
Sin embargo, los datos revelan una diferenciación genética interna entre los sectores Alto y Bajo del Delta ya hacia ~600 AP, paralela a diferencias en los estilos cerámicos documentados arqueológicamente. Esto apoya la existencia de entidades arqueológicas distintas (Goya-Malabrigo en el sector superior, con influencias guaraníes en el inferior).
El individuo del río Uruguay inferior (Los Cardos, ~1.500 AP) se agrupa genéticamente con los del Delta del Paraná, sugiriendo que la misma ancestría conectaba ambas cuencas fluviales, coherente con la caracterización arqueológica de la entidad Goya-Malabrigo como fenómeno regional compartido.
Uruguay oriental: conexiones con el sur de Brasil (~730 AP)
Uno de los hallazgos más llamativos del estudio es el del individuo de Los Indios (Uruguay oriental, ~730 AP), vinculado genéticamente a grupos Sambaquí del sur de Brasil.
Esto conecta con el trabajo de Ferraz et al. (2023) en Nature Ecology & Evolution, que demostró que los Sambaquí costeros del sur de Brasil portaban ascendencia relacionada con los Kaingang (hablantes de lenguas Jê), vinculada a construcciones de montículos de tierra y a una expansión costera de sur a norte.
El artículo de Kretek et al. extiende este corredor costero hacia el sur, sugiriendo que la expansión de la ancestría Kaingang-relacionada llegó al Uruguay oriental al menos hacia 730 AP, asociada allí también a sociedades constructoras de cerritos (montículos de tierra). Los modernos uruguayos con alta ancestría amerindia también muestran afinidad con los Kaingang, lo que da continuidad al patrón.
Síntesis: una visión integrada de 15.000 años
~15.000–12.000 AP
Colonización inicial rápida desde el norte; presencia en Monte Verde, Pampas (Arroyo Seco). Ancestría "paleoamericana" vinculada a Anzick-1/Clovis.
~12.000–9.000 AP
Diferenciación temprana. Emergencia de al menos tres linajes profundos: andino, pampeano y un tercero del centro de Argentina aún no bien caracterizado. Posible reemplazo o dilución de la ancestría más antigua tipo "paleoamericana".
~9.000–6.000 AP
Consolidación regional. Continuidad en Patagonia sur. En las Pampas, coexistencia de al menos tres ancestrías distintas durante el Holoceno Medio.
~6.000–4.000 AP
Expansión de la ancestría de origen desconocido (probablemente del centro de Argentina) hacia las Pampas desde ~5.500 AP. Contactos esporádicos con Patagonia suroriental. En los Andes, nueva ola migratoria de norte a sur desde ~4.200 AP.
~4.000–1.500 AP
Consolidación de la ancestría pampeana desconocida como dominante en Pampas centrales y meridionales. Flujo andino-suroriental hacia las Pampas occidentales. Primera llegada de la misma ancestría al río Uruguay y Delta del Paraná (~1.500 AP).
~1.500–600 AP
Diferenciación entre Delta Superior e Inferior del Paraná. Expansión de ascendencia kaingang-Sambaquí hacia Uruguay oriental. Llegada de ancestría pampeana al noroeste patagónico (~610 AP).
~600–150 AP
Coexistencia de ancestrías pampeanas y andinas en el noroeste patagónico hasta tiempos coloniales. Influencia guaraní puntual en el Delta Inferior. Contactos históricos con grupos tehuelches.
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